Cmentarz ma długą i złożoną historię. Najstarszą, liczącą najcenniejsze i najstarsze nagrobki, jest część zachodnia cmentarza.
Twórcami najstarszych nagrobków są znani wileńscy artyści, jak J. Rosiński, J. Kozłowski, J. Sobolewski, L. Andruszkiewicz, W. Łabanowski, B. Jacuński, J. Korkuć oraz J. Horbacewicz. Liczne pomniki żeliwne pochodzą w manufaktury w Wiszniewie.
Cmentarz Bernardyński, zamknięty w latach 90. ubiegłego wieku, uznano za zespół zabytkowy formalnie chroniony prawem. Odrestaurowano bramę, na której umieszczono tablicę w języku polskim i litewskim, odbudowano część kolumbariów oraz pokryto dachem kaplicę.